延厩四(785)年、桓武天皇の寵臣で式家のホープであった藤原種継が、天皇の留守の問に射殺されるという不可解な事件が起こりました。すぐさま犯人捜査がなされ、大伴氏と佐伯氏の多くが逮捕されました。そのとき、首謀者とされた大伴継人らは「亡くなった大伴家持の計略で種継を除けということで、早良皇太子に啓してこのことを行なった」と言ったのです。
そのため、早良皇太子も捕らえられて乙訓寺に移されました。天皇は皇太子を淡路へ移すことにしましたが、呈太子は無実を主張して十日間飲食を絶ったのです。そのため淀川の高瀬橋に着いた時にはすでにこと切れておりましたので、屍を淡路島に運んで埋葬したのでした。
すでに故人となっていた大友家持も官位剥奪となりました。

桓武の子、伊予親王の横死事件というのもありました。

大同二(807)年、藤原宗成が伊予親王に謀反を勧めているという秘密の情報を得た藤原吉子（桓武天皇の后）の兄の藤原雄友（伊予の叔父）は、これを内大臣内麻呂に伝え、また伊予親王にも忠告しました。そこで伊予親王は宗成が謀反を勧めたいきさつを、平城天皇に対して説明し潔白を主張しました。朝廷が宗成を捕えて尋問したところ、宗成は、親王が謀反の張本人だと言い張ったのです。
激怒した平城天皇は伊予親王と母親の吉子を捕えて、ニ人を川原寺へ幽閉しました。叔父の雄友は、伊予親王が潔白であると弁護したが、これも捕えられて官位を奪われ伊予の国へ流されたのでした。
幽閉された二人は毒をあおって自害。この間、内麻呂はなんら伊予たちのために動かなかったといいます。

暗殺された藤原種継の娘、薬子（くすこ）は、藤原縄主に嫁いで三男二女をもうけていました。その長女が安殿（あて）皇太子（平城天皇）の后として宮廷に入った際に母親として従って来て、薬子自身が皇太子と関係ができます。桓武天皇はそうした屡係を嫌ったので、一度は宮廷を去りますが、桓武天皇が引退して安殿が平城天皇になると、再び宮廷に入り、上皇の死後は尚侍として兄の仲成とともに平城天皇を操ります。
平城天皇は怨霊を恐れて、心身共に衰弱して皇位を12オ年下の同腹の弟、嵯峨に譲ります。薬子兄妹はこれが不満で、上皇にすすめて平城京に宮殿を造らせ、『二所朝廷』といわれました。さらに平安京を廃止しすることまで宣言させたのです。

さすがに怒った嵯崚天皇側は、仲成を捕えて殺害しました。それでも薬子は懲りず、兵を集めて朝廷側に戦いを挑みますが、敗れて殺害されました。

この事件後、平城上皇は出家し、平城の皇子の高岳（たかおか）皇太子は廃止され、嵯峨の異腹の弟である淳和が皇太子に立ちました。

承和九(842)年伴健苓（とものこわみU）、橘逸勢（たちばなはやなり）らが淳和天皇の皇太子である恒貞親王を擁して謀反を企てたとして二人を流罪にし、恒貞親王を廃しました。
藤原良房の計画した陰謀だといわれ、事件後、良房の妹が生んだ道康親王が皇太子（文徳天皇）となりました。

貞観八(866)年、平安京の応天門が炎上。大納言伴善男は左大臣源信の放火によると訴えましたが．
かえって遠流に処されました。大伴氏、紀氏の名家が没落し、藤原氏の隆盛が決定的になった事件です。