開港後は、湊川より西を「兵庫港」、東を「神戸港」と定めました。開港場の東部には格子状に区画された外国人居留地が築かれ、洋風建築が次々とつくられます。居留地の西側は、日本の商人や清国人などが混在する雑居地となり、のちに「南京町」となります。

神戸港の第一波止場は、幕府海軍操練所の船入場を改修したものです。初期は桟橋（さんばし）も小さく、大型船は接舷（せつげん）できないため、小型のはしけに貨物を積み替えて荷揚げしました。

神戸港長として兵庫県に雇われたイギリス人のジョン・マーシャルは、大規模な築港計画を立て、1884年には小野浜に全長178mの鉄製桟橋が完成します。港湾設備が拡充するにつれて神戸港は隣接する兵庫港と一体化し、1892年には兵庫港と神戸港をまとめて神戸港と呼ぶ勅令が公布されました。

大阪港は水深が浅くて大型船の接岸には向きませんでしたが、安田財閥の支援により1897年から港湾設備の拡充が進められました。神戸港も、近畿最大の貿易港の地位を守るためさらなる拡充をはかります。

1905年には元神戸税関長の水上浩躬（みなかみひろみ）が神戸市長に就任します。神戸新港の第１期修築工事に着手して、新港第一突堤から第四突堤（西）までが築かれました。続いて第２期修築工事が進められ、総延長6000mの防波堤、総延長9000mもの係留岸壁（けいりゅうがんぺき）が完成しました。

1923年の関東大震災により、生糸の輸出拠点は横浜港から一時的に神戸港に移ります。このため、輸出入総額は日本一となりました。

戦後の復興が進むと、神戸港では背後の六甲山地を削った土砂を使って大規模な埋め立てが進められました。1966年には、神戸市灘区に日本初のコンテナ埠頭である摩耶埠頭が完成します。1980年代には総面積約8.33㎢のポートアイランド、総面積約5.95㎢の六甲アイランドという２つの巨大な人工島が完成しました。

高度経済成長期を通じて神戸港の役割も変化し、輸入品目は綿花から食料、工業原料、石油や石炭などに変わり、輸出品目は綿製品から機械製品に移りました。また、輸出港としてだけでなく、香港、釜山、シンガポールなど、東アジア各地の主要な港の中継地となるハブ港として活用されています。

1960年代、原口忠次郎（ちゅうじろう）神戸市長は、ポートアイランドの建設にあたり、香港やシンガポールのように外国貨物に関税を課さない自由港区とすることを構想し、諸外国にも協力を呼びかけました。しかし、当時の大蔵省が難色を示して計画は幻に終わっています。

神戸市の背後にそびえる六甲山の誕生の秘密、新温泉町や香美町で体感する山陰海岸ジオパーク、明石市を通る標準子午線はじつは少しズレている、地形と地質からひもとく日本最古の名湯・有馬温泉、地形で読み解く高級住宅地「芦屋市六麓荘町」の魅力、芦屋川や住吉川など阪神間の河川に天井川が多い理由・・などなど兵庫のダイナミックな自然のポイントを解説。

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