当時の日本は、鎖国を続けるか開国するかで揺れ動いていました。幕府はこれ以上鎖国を続けることはできないと考え、開国の構え。しかし鎖国の伝統を変えたくない朝廷は、開国を拒みます。吉田松陰自身は外国への関心が強く、学んで国力を高めるべきだと考えていましたが、海外の圧力に屈する形で開国することに不安を抱いていました。

そんなとき大老・井伊直弼（いいなおすけ）が天皇の勅許なしに日米修好通商条約を調印したことを知った吉田松陰は激怒し、老中・間部詮勝要撃（まなべあきかつようげき）（暗殺）を計画。あろうことか長州藩に計画を宣言し、武器弾薬の拝借を願い出たのでした。当然ながら長州藩はこれを拒否。吉田松陰の暴走を止めるべく、再び野山獄に投獄しました。

長州藩内の思想も一枚岩だったわけではありません。藩内では常に「幕府に恭順する」「幕府に逆らう」「攘夷を決行する」「開国やむなし」という議論がわき上がっていました。

海外に比べると日本の技術が劣っているのは事実です。長州藩は1863（文久3）年5月、海外の技術を学ばせるため密命で藩士5人（井上馨（いのうえかおる）、遠藤謹助（えんどうきんすけ）、山尾庸三（やまおようぞう）、伊藤博文、井上勝（いのうえまさる））をイギリスに密航留学させます。開国した際に少しでも有利になるよう、準備は進めていたのでした。

その一方で、攘夷も実行しています。幕府が朝廷に攘夷決行日と約束した同年5月10日、久坂玄瑞らが関門（かんもん）海峡を通行するアメリカ商船を砲撃したのです。藩上層部は攘夷には慎重な立場でしたが、やってしまったものは仕方がありません。長州藩は報復攻撃されることを見越して、臨戦態勢に入ります。

まず藩庁を艦砲射撃に弱い萩から内陸の山口に移転。支藩の長府（ちょうふ）藩も、海岸線から内陸部の勝山に藩主居館を移転しました。軍備増強のため、関門海峡周辺に10以上の台場（砲台）を建設。小郡（おごおり）（現在の山口市）や萩の大砲製造所では、洋式の大型カノン砲を鋳造しました。

井上馨・伊藤博文は開戦を止めるためイギリスから急ぎ日本に帰国しますが結局止めることはできず、1864（元治元）年8月5日には、イギリス・フランス・オランダ・アメリカの4カ国・17隻の連合艦隊が関門海峡に襲来。長州藩兵は果敢に攻撃するも、圧倒的な火力差を前に台場は次々に陥落しました。

7月19日に発生した禁門（きんもん）の変（へん）で主力の大半が不在だったこともありますが、そもそも勝てる戦争ではありません。一度開戦し長州藩、ひいては日本の姿勢を見せつけようという「負けは覚悟の開戦」だったのでした。

同年6月、幕府は第二次長州征伐に乗り出します。長州藩を攻撃するために西国を中心とした31藩に出陣を命じたのですが、各藩はなかなか応じようとしませんでした。この時期、どこの藩も財政的に厳しく出兵は経済的負担が大きかったのです。長州藩が恭順の態度を見せていたことも影響していたのでしょう。本来であれば「萩口（はぎくち）」「芸州口（げいしゅうぐち）」「大島口（おおしまぐち）」「小倉口（こくらぐち）」「石州口（せきしゅうぐち）」の5方面から長州藩を攻撃する予定だったのですが、萩口を担当するはずだった薩摩藩が動かなかったため、結果的に長州藩に4方面から侵攻する「四境戦争」となりました。

最初に戦端が開かれたのが、大島口の戦いです。周防大島（すおうおおしま）にはもともと兵を配置していなかったため幕府軍に占領されてしまいますが、高杉晋作が丙寅丸を率いて幕府側の軍艦に夜襲をしかけます。翌日には上陸して周防大島を奪還しました。

次に戦場となったのは、芸州口です。芸州口では彦根藩（滋賀県）・紀伊藩（和歌山県）など3万の軍勢と、岩国兵が激突。こう着状態のまま終戦となりました。

3番目の戦場となった石州口では、長州藩の大村益次郎率いる部隊が浜田藩（島根県）に侵攻。射程の長い最新式の銃で浜田藩・福山藩（広島県）を圧倒し、浜田城を陥落させました。

最も激戦となったのが、石州口の戦いとほぼ同時に始まった小倉口の戦いです。高杉晋作の乗る丙寅丸と、坂本龍馬の乗る乙丑丸（いっちゅうまる）（薩摩藩名義で長州藩が購入し、亀山社中（かめやましゃちゅう）が操船）が門司（現在の福岡県北九州市）を攻撃。その混乱に乗じて奇兵隊が門司に上陸して、待ち構えていた小倉藩（福岡県）や熊本藩の兵と交戦しました。その後幕府側の猛攻を受け一度は下関側に退きますが、再上陸。このままでは防ぎきれないと判断した小倉藩は自ら城に火を放ち、小倉城は落城しました。

その後も各方面で戦闘は続きますが、7月に14代将軍・徳川家茂（いえもち）が大坂城で急死したことを契機に撤兵。体面上は休戦という形ではありましたが、長州藩の勝利は疑う余地もなく、幕府の権威は失墜しました。

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