帰国した岩崎弥太郎は奉行所に、庄屋にも問題があったのではないかと訴え出ますが聞き入れてもらえず、投獄されてしまいます。
岩崎弥太郎は、獄中での期間を有効に利用。ともに投獄されていた者から算術と商売について学びます。出獄後は謫居（たっきょ）（生家とは別の場所で謹慎生活を送ること）となったため、城下のはずれにある知人の家に間借りし、近所の子どもに勉強を教えるなどして暮らしていました。ちょうどこの時期、吉田東洋（よしだとうよう）も謫居となっており、長浜（現在の高知市長浜）で私塾・少林塾を開いていました。岩崎弥太郎はこの少林塾に入門します。

吉田東洋にその才能を見いだされ、藩の役人として長崎で外国事情の調査を任されます。しかし仕事がうまくいかず、無断で帰国したため役職をとかれました。吉田東洋が暗殺されたこともあり、不遇の時代が続きます。

1866（慶応2）年、土佐藩は長崎で開成館長崎商会（かいせいかんながさきしょうかい）を設立し、欧米列強との貿易を開始。後藤象二郎（ごとうしょうじろう）が責任者を務めていました。後藤は井ノ口村で新田開発や農業に精を出していた岩崎弥太郎を開成館長崎商会の主任に任命。藩の後ろ盾を得た岩崎弥太郎は、大砲や小銃・帆船や砲艦などを精力的に買い付けます。
しかし神奈川や兵庫が開港すると長崎の独占性は失われ、諸外国は本州の港を利用して商売をするようになります。岩崎弥太郎は後藤象二郎に訴え、1869（明治2）年に大阪の開成館大阪商会に異動。責任者として外国商館との取引に当たり、藩の財政に貢献しました。

安芸市井ノ口には、岩崎弥太郎が生まれ育った生家が現存しています。建築されたのは1795（寛政7）年ごろで、新築ではなく移築したといわれています。岩崎弥太郎本人は1867（慶応3）年に長崎に赴任して以降はほとんど生家に戻っていませんが、家族は1871（明治4）年までここで暮らしています。

家族は高知市に移住し、その後大阪に住んだ後、東京に転居。生家は空き家になりますが、その後も維持管理されています。柱も梁も大部分が当時のままで、床下には「芋つぼ」と呼ばれる貯蔵庫があるなど、江戸時代後期の土佐国の民家の様子を見ることができます。1886（明治19）年に棟上げされた蔵の壁には、水切瓦（みずきりがわら）が取り付けられています。強い雨から壁を守る働きがある、高知県特有の意匠です。

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