そもそも、618年に建国した唐が高句麗（こうくり）に侵攻を開始したのは645年でしたが、当時、高句麗と百済（くだら）から攻められていた新羅（しらぎ）は唐と連合して、660年に百済を滅ぼしてしまいます。その百済の生存者らが国の復興を目指して、もともと交流の深かったヤマト政権に援軍を求めてきました。それに応えるかたちで斉明（さいめい）天皇は船で兵を送り出し、白村江の戦いに臨みます。しかし、ヤマト軍は唐・新羅の連合軍に大敗してしまいました。
その後、668年には高句麗も新羅に滅ぼされ、朝鮮半島は新羅によって統一されました。

一方ヤマト政権では、661（斉明天皇7）年に斉明天皇が急死したため息子の中大兄皇子（なかのおおえのおうじ）（のちの天智天皇）が跡を継ぎ、唐や新羅の侵攻に備えて、太宰府を前線基地として、水城や山城を建設。その後も都へのルートに山城を整備して、対馬と筑紫には防人（さきもり）を置きました。
鞠智城もそんな山城のひとつで、大野城（福岡県宇美町（うみまち）・太宰府市（だざいふし）・大野城市（おおのじょうし））や基肄（きい）城（佐賀県基山町）に武器・食糧を補給するための支援基地だったとされています。

遺跡は周囲の長さ3.5㎞、面積55haという規模で、1967（昭和42）年度から始まった熊本県の発掘調査により、八角形建物跡をはじめとする72棟の建物跡や、貯水池跡、土塁跡など遺構が相次いで発見されました。
また、1994（平成6）年度からは、八角形鼓楼（ころう）、米倉、兵舎・板倉が復元されて歴史公園として整備されているほか、出土品や模型などで城の立地や規模、構造などを体験的に学習できる「歴史公園 鞠智城・温故創生館」（熊本県立装飾古墳館分館）も建てられています。

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