南部晴政は叔父の石川高信（たかのぶ）を津軽郡代として石川城（弘前市）に置いていましたが、津軽地方では反乱が頻発していました。南部氏庶流の大浦城（弘前市）主・大浦為信（＝のちの津軽為信）は、元亀年間（1570〜1573年）に石川高信に反旗を翻して石川城を急襲します。石川高信は自害したとも、生き延びてのちに病死したとも伝えられていますが、いずれにせよ大浦為信（＝津軽為信）が津軽地方を支配することになりました。

1582（天正10）年に南部晴政が没すると、南部氏では後継者争いが勃発。その間にも大浦為信（＝津軽為信）は南部系の豪族を次々と攻め滅ぼしていき、1585（天正13）年には油川城（あぶらかわじょう）（青森市）を制圧して外ヶ浜（そとがはま）一帯を支配下に置きました。さらに田舎館城（いなかだてじょう）（南津軽郡）まで攻略し、勢力範囲を拡大します。

1590（天正18）年には、豊臣秀吉が天下統一事業の総仕上げとして相模国（神奈川県）の後北条氏を攻めます。この小田原征伐では南部氏、大浦氏ともに秀吉軍に参陣し、豊臣政権に恭順の意を示しました。このとき南部氏は、大浦為信（＝津軽為信）は惣無事令（そうぶじれい）（秀吉による大名間での私闘禁止令）に違反していると訴えていましたが、大浦為信（＝津軽為信）は南部氏より先に参陣し、津軽特産の鷹を贈って釈明し、難を逃れたといいます。

小田原征伐のあと、秀吉は宇都宮城（栃木県宇都宮市）で奥州大名の処遇を決めます（奥州仕置）。東北の諸大名が改易や減封されるなか、南部氏と大浦氏は本領が安堵されました。なお、この頃に大浦氏は「津軽」へと改姓（津軽為信）しています。

東北には奥州仕置に反発する者が多く、1591（天正19）年には南部氏と対立していた九戸氏が蜂起した（九戸政実（まさざね）の乱）。南部氏と津軽氏は、豊臣秀次（ひでつぐ）を総大将とする鎮圧軍に参陣しました。南部氏当主の南部信直（のぶなお）は、津軽為信に石川城を追われた石川高信の実子（養子として南部氏に入る）であり、このとき豊臣軍の浅野長政（あさのながまさ）に父の仇討ちを申し入れて却下されています。南部と津軽の遺恨は消えることがないまま、戦国の世を終えていくのでした。

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