しかし、その開発事業が順風満帆に進んだわけではありません。1730（享保15）年に始まった松ヶ崎掘削では、阿賀野川の分離工事が行われたものの、洪水により分水路が本流となるなどその後も洪水は絶えず人々を苦しめました。そして、現存する大河津分水路（おおこうづぶんすいろ）が完成するまで、じつに200年もの年月を要しています。

新潟にとっての生命線といわれる大河津分水路は、多くの支流が合流し、大河となって日本海へ注ぎ込む信濃川を、現在の燕市大河津から長岡市寺泊（てらどまり）海岸へと分水、放水するためにつくられた水路です。川の氾濫による被害は、土地をだめにする水害だけではありません。水はけの悪い土地に溜まった水はやがて腐り、コレラやチフスなど恐ろしい伝染病の温床にもなっていました。大河津分水路が完成する以前、この地の人々は洪水、土砂災害、そして疫病といったさまざまな災害に苦しんでいたのでした。

そして、1869（明治２）年、ついに大河津分水路の工事が始まります。ですが、資金調達に問題があり、実際に着工したのは翌1870（明治３）年。その後も掘削の結果、日本海へ流れる土砂によって新潟港が浅くなるなど問題は山積みで、工事は中止を余儀なくされました。住民の陳情などにより工事が本格的に再開されたのは1909（明治42）年。この第2次工事では大型機械も導入され、多くの地元住民たちが作業に従事したといいます。そして、1922（大正11）年、人々の悲願だった大河津分水路が通水したのです。

全長約10kmの大河津分水路は、越後平野の様相を大きく変えます。信濃川の氾濫は激減し、農地は安定して収穫を迎えることができるようになりました。そのため、収穫量は水路完成以前の3倍にも増え、日本一の大穀倉地帯になったのです。さらに水害が減ったことで交通網や住宅用の土地の整備も進み、人々の暮らしは激変。新潟は北陸を代表する近代都市へと変貌しました。

大河津分水路はその後も改修が続き、洗堰（あらいぜき）・可動堰の改築のほか、現在でも洪水処理能力不足や河床洗掘等の対策として改修が行われています。近年、気候変化が続き豪雨などが急増していることから、新潟市、燕市方面などへの氾濫も予想され、平成の時代からそうした改修が急務とされています。2015（平成27）年に始まった大規模改修工事は、令和となった現在も継続中です。そして2022（令和４）年、大河津分水路は通水100周年を迎え、記念事業も予定されています。

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