臥牛山西麓に上級家臣の屋敷が配置されており、現在も茅葺の武家屋敷が多く残っています。そのさらに西側を羽越街道（大町通り）が通り、大町で日本海へと続く浜通りと交わります。このT字型の街道沿いに町人町が形成されました。その外側を再び下級武士の屋敷が囲んでいます。寺町は城下町の北西部に形成され、防衛拠点として機能していました。城下南端には、出羽三山の羽黒神社から勧請した西奈弥（せなみ）羽黒神社が置かれています。

本丸（現在の長岡駅周辺）・二の丸（現在の厚生会館周辺）の周囲を堀と土塁、武家屋敷で二重に囲み、その外側を通る羽州街道（現在の大手通り）沿いに町人町を配置。それをさらに武家屋敷が囲みました。城下町の北と西には防衛拠点となる寺町が置かれていました。幕末には戊辰戦争の激戦地となり、ほとんどの建物が焼失しました。

本丸の周りを土塁と石垣、新発田川の水を利用した堀で囲み、その周囲を武家屋敷で包んでいます。その南方を東西に走る街道沿いに町人町が形成されました。寺町は城下町の南東に設けられ、防御の役割を担っていました。

明治時代に新発田城は破却され、陸軍施設が設置されました。現在は御三階櫓などが復元されていますが、本丸を中心に自衛隊の駐屯地が置かれているため、見学できる施設は限られています。

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