清原氏が活躍した「前九年合戦」
この時期に陸奥北部で広大な領域を支配していたのが安倍氏です。「酋長（しゅうちょう）」を自称する俘囚長の安倍氏は、奥六郡（おくろくぐん）（岩手、志和（しわ）、稗貫（ひえぬき）、和賀（わが）、江刺（えさし）、胆沢（いさわ））を支配し、朝廷から「六箇郡の司」の地位を認められていました。
ですが、安倍氏は独立心が強く、次第に朝廷に従わなくなっていきます。その結果、1051（永承6）年に朝廷は安倍氏を諫めるために、陸奥守・藤原登任（なりとう）に奥六郡への出陣を命じるのでした。この戦いを「前九年合戦」といいます。
緒戦で敗北を喫した朝廷側は、藤原登任を更迭し、河内源氏（かわちげんじ）初代棟梁・源頼信（よりのぶ）の嫡男である源頼義（よりよし）を陸奥守に任じて安倍氏討伐にあたらせました。源頼義は安倍頼時（よりとき）を討ったものの、その後は苦戦が続き、清原氏に協力を要請するのでした。
清原氏は安倍氏鎮圧に多大な貢献をした
清原氏当主の光頼（みつより）は、当初は中立的な立場を貫いていましたが、源頼義が「奇珍の贈物」を続けて、繰り返し参戦を依頼してきたため、1062（康平5）年、ついに弟・武則（たけのり）を派遣します。
清原氏の参戦で形勢は逆転し、朝廷軍はまたたく間に安倍氏の拠点である厨川（くりやがわ）の柵や嫗戸（うばとの）柵（ともに岩手県盛岡市）を攻め落とし、安倍貞任（さだとう）を破りました。清原氏の参戦からわずか1カ月で、安倍氏は滅亡に追い込まれたことになります。
清原氏の家督争い「後三年合戦」
戦後、清原武則は鎮守府（ちんじゅふ）将軍に任じられ、安倍氏の旧領を併合して北東北を支配する実力者となりました。
その後、武則の子・武貞（たけさだ）が没すると、1083（永保3）年に3人の子（真衡（さねひら）、家衡（いえひら）、清衡（きよひら））のあいだで後継者争いが勃発。三子のうち清衡は、武貞が安倍頼時の娘を娶（めと）ったときの連れ子（父親は安倍氏一門の有力豪族・藤原経清（つねきよ））でした。この家督争いを「後三年合戦」といいます。
後三年合戦
1086（応徳3）年、源義家は大軍を引き連れ、家衡がたてこもった沼柵を攻めましたが落とせませんでした。家衡は叔父・武衡のすすめで金沢柵に移り籠城しましたが、1087（寛治元）年に義家軍の猛攻により落城しました。
清原氏の滅亡と奥州藤原氏の始まり
後三年合戦は、源義家（よしいえ）（頼義の子）を味方につけた清衡が勝利し、合戦後、清衡は清原氏の旧領をすべて受け継ぎ、現在の青森県、岩手県、秋田県のほぼ全域を支配することになりました。
さらに実父の姓に復して藤原清衡と名乗りを改めました。これが奥州藤原氏の始まりです。奥州藤原氏は平泉（岩手県西磐井（にしいわい）郡）を中心に独自文化を花開かせていきますが、清原氏はこの合戦で滅亡したことになります。
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