まず藤井能三の功績として知られるのは、富山県下で最初の小学校である伏木小学校の設立です。校舎には藤井能三の持家を使い、教師の給料や教科書は藤井能三自身が負担。学校では運動器具としてブランコが用意されており、伏木の多くの人が海で生活をすることになるのだから、ブランコで揺れに慣れておくことを目的としていたというのは、実に港町らしい発想です。その後は、女子の教育にも力を入れ、藤井女児小学校を開いています。

大きな汽船が出入りする神戸港とは対照的に、伏木港は環境を整備しなければ時代に取り残されてしまうという焦燥感に駆り立てられ、藤井能三は港の整備の必要性を地元の人々に訴え始めます。すぐには理解を得られませんでしたが、その間に小学校設立で私財を投じて地域貢献に打ち込んでいた彼の姿は人々の胸を打ち、次第に賛同者が現れ始め、地元の支持を固めていきました。

明治14（1881）年、藤井能三は地元の廻船問屋らと協力して、富山県内初の汽船会社「北陸通船会社」を設立。この頃には、ロシアのシベリア鉄道を利用して、日本の品を伏木港からヨーロッパへ輸送するという夢も生まれていたようです。しかし明治18（1885）年、三菱と揉めたことで会社は倒産。不景気の影響もあり、藤井能三は北前船で築いた財産を失ってしまいます。

ついに、伏木港で本格的に修築工事が始まります。明治35（1902）年、庄川と小矢部川の切り離し工事が国事業として着工。特に庄川の改修は、藤井能三が一生をかけて取り組んだ事業であり、倒産の末に財産を失った藤井能三を助けようとした伏木の人々が、多くの利益を生みそうな庄川の改修工事の責任者に藤井能三を据えたともいわれています。藤井能三は、庄川の河口と伏木港を分離させるため、河道の新設や川幅の拡幅をおこないます。さらに、伏木港の浚渫や岸壁建設も進み、3000t級の大型船が入港できる港として竣工したのは大正元（1912）年のこと。

しかし、この半年前に、藤井能三は港の完成を見届けることなく66歳で生涯を閉じています。工事が終わった後、費やされた資金の内訳を知った伏木の人々は驚きました。藤井能三が自分の利益を度外視で働いていたからです。

現在、伏木富山港には大陸からの多くの外航船が入港します。臨海工業地帯、石油配分基地を擁し、対岸諸国との貿易港として経済発展の一翼を担っています。近年は、大型クルーズ船も寄港するように。まさに藤井能三の憧れた港の光景が広がっているのでした。

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