集落の住居数もさることながら、集落跡の面積は1万5000㎡ほどと広く、発見当時には「国内最古級で、最大規模の定住集落跡」とされました。

同時期の遺跡としては加栗山遺跡（かくりやまいせき：鹿児島市川上町）や前原遺跡（まえばるいせき：鹿児島市福山町）などが知られていましたが、一般的には縄文文化は三内丸山遺跡（さんないまるやまいせき：青森県青森市） に代表されるように、西日本より東日本で繁栄していたと考えられていました。

いわば「東高西低（とうこうせいてい）」が定説とされていたわけですが、縄文時代の初期においては上野原遺跡の発見によりそれが覆されたことになります。

遺跡内の集石遺構は径30cm前後のものから160cm×120cmほどの大きなものまであり、下部に掘り込みのあるものも確認されています。これらは調理施設であり、石蒸し料理の跡と推定されています。

連結土坑も同様に調理施設ですが、こちらはふたつの坑（焚き口と煙出し）をトンネルで連結しているのが特徴（煙道（えんどう）付き炉穴（ろあな））。連結部分には焼土（しょうど）や木炭が散らばった硬化面が見られ、狩猟した獲物の肉を保存食として加工するための燻製施設であると考えられています。

また、約7500年前（縄文時代早期後葉） の地層からは数多くの遺物が発見されていますが、なかでも特筆しておきたいのが、2個の壺型の平栫（ひらがこい）式土器です。この2個の土器は、ひとつの穴のなかに埋められており、完全な形で出土しました。

その周囲には、壺型土器や鉢形土器を埋めた土器埋納遺構、石斧（せきふ）をまとめて埋めた石斧埋納遺構が見つかりました。さらにその外側には、日常使用の石器や土器が置かれた状態で出土しており、こうした特殊な埋設状況から、この地が祭祀（さいし）にかかわるものであったと考えられています。

ここで生活していた縄文人たちの精神性をあらわすものであり、南九州の縄文文化が精神的にも成熟していたことがうかがいしれます。

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