それでも幕府は、島原・天草一揆のように棄教から立ち戻ったキリシタンが抵抗することを懸念し、絵踏みや五人組制、寺請制と宗門改帳などで取り締まりを強化します。そのため表向きは仏教徒として振る舞いながら、密かに信仰を続けた人々を「潜伏キリシタン」といいます。

日本人信徒は禁教令前から信仰共同体を作っており、潜伏組織はそれをもとに形成されます。教会暦をつかさどる「帳方（ちょうかた）」、宣教師に代わって洗礼を授ける「水方（みずかた）」、水方を経由して伝えられる帳方の伝達事項を各戸に伝える「聞役（ききやく）」など、それぞれに役割がありました。こうして潜伏キリシタンは、その崇拝や儀礼を仏教や神道に偽装し、信仰を守っていきました。

なお、明治6（1873）年の解禁後も、潜伏キリシタンの一部に独自の信仰を貫き続けた人々がいました。彼らは「カクレキリシタン」と呼ばれ、学術的には潜伏キリシタンと区別されます。

潜伏キリシタンは、集落ごとに多様な信仰様式を持っていました。例えば外海（そとめ）地区の出津（しつ）集落は、「聖ミカエル」などの聖画像を隠し持ち、密かにあがめました。また同地区の大野集落では、表向きは神社の氏子を装い、集落内の神社に信仰対象を祀って崇拝しました。平戸の春日集落では、キリスト教伝来前から山岳信仰の場であった安満岳や禁教初期にキリシタンが処刑された中江ノ島を聖地として、重要な儀式を行っていました。

18世紀末には外海の人口が増加したため、多くの潜伏キリシタンが黒島や頭ヶ島（かしらがしま）など五島列島に移住し、新たな集落を形成します。そこでも仏教徒を装い、観音菩薩像を聖母マリアに見立てた「マリア観音」などに祈りを捧げ、信仰を守りました。

2018年、これらの潜伏キリシタンの遺産は、世界文化遺産に登録。250年にわたって密かに続けられた彼らの祈りが、世界中で知られることになります。

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