そして、明治から大正にかけての3次にわたる港湾改修事業により現在の長崎港の原型が造られました。

第1次港湾改修事業は明治17（1884）年から、中島川の砂防、変流、浚渫（しゅんせつ）（川底をさらって土砂などを取り除くこと）の工事が行われました。

この時代、中島川の土砂堆積が多いことから湾内に干潟があらわれ、長崎港は港の機能を損なっていました。そこで、出島に流れていた中島川の流れを変え、出島堤を築造し、港内部の浚渫を実施。これにより、中島川は出島の背後を流れるようになり、流出土砂は湾内の不要部に放流できるようになりました。

この中島川の変流により、出島の景観は大きく変化。出島の変流とともに新しい橋が架けられたほか、明治19（1886）年には下水道工事が実施され、居留地から始まった近代都市の建設は長崎を大きく変貌させました。

明治30（1897）年から7年間にわたる第2次港湾改修事業では、長崎港の土砂堆積の改良と鉄道開通にともなう工事が行われました。同年に九州鉄道の長崎駅（現・浦上駅）と長与駅間が開通しましたが、長崎市内まで鉄道を延長して大黒町（現在の長崎駅周辺）に駅を設置するために、長崎港の埋め立てが急務となりました。

軟弱な地盤のために工事は難航しましたが、湾奥部、市街地付近、出島前面の景観は一変し、出島は陸続きとなりました。

この第2次事業による埋め立てにより、ほぼ現在の長崎の地形の骨格ができ、その後市域は北部に拡大しました。

大正年間に行われた第3次港湾改修事業では港湾の埋め立て、岸壁の築造が行われ、8000t級の船2隻または3隻が同時に接岸できるようになります。

第3次事業で近代的な港湾施設が整備されたのち、第二次大戦まで長崎港に大きな変化はありませんでしたが、貿易都市、工業都市として発展した長崎の大正9（1920）年の人口は17.6万人に増加。六大都市に次ぐ全国7位となっていました。

戦後の再開発でもっとも規模の大きい事業は、昭和61（1986）年から始まった「ナガサキ・アーバン・ルネッサンス2001構想」です。この事業は長崎県と長崎市が一帯となったもので、交通インフラ、都市開発、文化・観光に分かれて長崎都心・臨海地帯の再開発が行われました。

この結果、長崎水辺の森公園や長崎出島ワーフなどが誕生し、長崎港周辺はより市民に親しまれるエリアとなりました。

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