半島、岬、湾、入江の数も非常に多く、海岸線は複雑な曲線のリアス海岸を形成しています。海岸線の長さは北海道に次ぐ2番目で約4171㎞（2018年統計）、1㎢あたりの海岸線は1012mと全国1位です。

長崎県内には82の港湾があり、県下市町の中で海岸線をもたないのは1町のみ。市街地は港湾からなっているといっても過言ではありません。

長崎県の離島は大きく分けて対馬島地域、壱岐島地域、五島列島地域、平戸諸島地域、西彼（せいひ）諸島地域の5地域に区分されます。

大小の島が多いだけに無人島も多いですが、有人島は74島（離島振興法指定では55島）にのぼり、長崎県の総面積の4割以上におよびます。複雑な海岸線とともに、点在する島々は独特の美しい風景を展開しています。

ここでは平戸島から佐世保の間に広がる九十九島、対馬の浅茅湾（あそうわん）、そして五島列島の島々を紹介しましょう。

九十九島は平戸島から佐世保にかけて広がる約25㎞の海域で、西海国立公園に指定されています。

陸地と続いていた尾根上の窪んだ部分が海面下に沈み、高い部分だけが陸から分かれ、離れ島となって九十九島を形成しました。入り組んだリアス海岸と208の島々が連なり、島密度は日本一といわれています。

常緑広葉樹の森の島が多く波が穏やかであることから、珍しい植物や絶滅危惧種の野鳥など、生物の宝庫でもあります。また、養殖業が盛んで、真珠やカキの生産量は全国有数です。

対馬は南北82㎞、東西18㎞と細長い長崎県内でもっとも大きい島です。韓国・釜山までの距離は約50㎞と本州よりも近いです。

豊かな自然には国の天然記念物のツシマヤマネコをはじめ、ここでしか見られない生物や大陸系の動植物が生息しています。対馬の中央から少し南寄りにある浅茅湾は、小さな緑の島々が点在する多島海です。

2万年前、地球が氷期だった時代は、海水面は今より120mも低かったと考えられています。当時の海岸線は緩やかで今よりずっと海側にあり、浅茅湾はもとは陸地でした。少しずつ沈降している対馬に対して、氷期が終わって海水面は上昇したため、対馬の沿岸部の平野や谷は海に沈み、山地の峰の部分だけが地上に顔を出すことになりました。

湾に散在する小島は、谷部分が沈んでしまった山々の頂上が海上に現れたものです。浅茅湾の美しい風景はこうしてつくられました。

五島列島は西海国立公園に指定されている東シナ海に浮かぶ島々で、列島の長さは約90㎞。5つのおもな島と合わせて大小152の島々が連なっています。

砂の堆積や火山活動による隆起で形成されたことから、平地は少なく急峻な山々がそびえます。暖流の影響で緑濃い山々に覆われる一方、延長約429㎞にもおよぶ海岸線は、波の浸食で切り立った断崖や複雑に入り組んだリアス海岸が続きます。

海蝕地形の発達が著しい外洋に対して、内海部では穏やかな多島海景観が広がっています。

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