この山に石清水八幡宮が建てられたのは平安時代に入ってからです。『石清水八幡宮護国寺略記』によると、神社の興りは僧侶行教が豊後国（ぶんごこく）（大分県）の宇佐神宮で受けた八幡大菩薩（はちまんだいぼさつ）の神託であるとしています。国家守護のため都に神を移せという菩薩の意思に従い、行教は朝廷に願い出ました。

979年より天皇の行幸もたびたび行われ、明治天皇も1868年の大阪行幸の際に1泊しています。朝廷との深いつながりは、伊勢神宮に次ぐ「第二の宗廟」と呼ばれるほどでした。

平安時代を通じて国家鎮護の社であり続けた石清水八幡宮は、源氏の氏神、また戦勝の神としてもあがめられていきます。鎌倉幕府の滅亡後も、源氏の系統を主張する足利家や徳川家など歴代の武家政権に保護されました。

明治時代に入ると廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）で多数の仏具・経典が破壊され、社名も「男山八幡宮」に改名されました。名称が戻されたのは1918年のことです。

現在の境内には本殿をはじめ、地主神を祀る狩尾社（とがのおしゃ）や若宮殿社（わかみやでんしゃ）、住吉社、石清水社などの摂社や末社が多数置かれています。本殿や五輪塔など重要文化財も数多くあります。厄除けのパワースポットとしても知られ、裏鬼門封じの山を訪れる参拝客は今も後を絶ちません。

淀駅に隣接する京都競馬場（現在改修中）は、通称「淀競馬場」といいます。「淀」という地名は桂川、宇治川、木津川の合流地点にある与渡津（よどつ）（港）に近く、川の水が「淀む」ことに由来するとされています。

戦国時代にはこの地に城があり、豊臣秀吉の側室・ 茶々が入って以後淀殿と呼ばれました。1595年に廃城となりますが、江戸時代には大坂街道の宿場町として淀宿が設けられ、1623年には淀藩が成立して新しい淀城が築かれています。

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