まず、1594（文禄3）年、家康の四男で忍城主の松平忠吉（まつだいらただよし）が、忍領内の水害対策として会の川を締め切りました。二俣に分岐する南側を締め切ったことにより、東側の分流を渡良瀬川（わたらせがわ）へと連結させたのです。

1603（慶長8）年、江戸に幕府を開いた家康は、家臣の伊奈忠次（いなただつぐ）を関東代官頭（だいかんがしら）（のちに関東郡代（ぐんだい））に任命し、利根川水系の河川開発を命じました。それは荒川を利根川から切り離し、利根川を東京湾から銚子へと大きく迂回させる一大事業でした。

1621（元和2）年、伊奈氏（忠次の次男・忠治）の指揮の下、赤堀川（あかほりがわ）（鴻巣市）の開削が始まりました。1629（寛永6）年には荒川の西遷が完了し、かつての流路は現在の元荒川となり、荒川の下流は隅田川となりました。なお、「隅田川」が正式な名称として採用されたのは1965（昭和40）年のことで、江戸時代には「大川」と呼ばれていました。

江戸時代以前、利根川は埼玉県域を南下し東京湾へ注いでいました。また、支川の荒川も現在の元荒川筋を流れ、2本の河川は現在の埼玉県東部で合流し東京湾へ流れており、江戸周辺にたびたび水害をもたらしていました。

それを解消するべく、徳川幕府は2本の瀬替え（利根川東遷・荒川西遷）事業に着手。利根川が栗橋から関宿、佐原、銚子を経て太平洋に、荒川は熊谷市久下で締め切られて和田吉野川、市野川、入間川筋を本流とする流れに変わりました。なお、かつての荒川筋が現在の元荒川（越谷市内で中川に合流）、利根川のそれが大落古利根川（古利根川）です。

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