翌年7月、菅は元禄12（1699）年編纂の『石上大明神縁起』のなかの「禁足地に石籬（せきり）があり神剣が石櫃に安置されている」という社伝に注目し、禁足地調査を神宮監督官庁にあたる教部省に申請しました。

翌8月、教部省地方官立会いのもと調査が行われました。すると、地表下0.3mの場所に約2.7m四方に敷き詰められた古瓦と、その下に0.3mの礫（こいし）を積んだ石囲いが出ました。地表下約0.9m地点が石室のようになっており、多くの勾玉、管玉などとともに全長85cmの刀身だけの鉄剣1振りが発見され、伝承の正しさが証明されたのです。

当時、寺社の聖域の発掘調査は極めて異例のこと。菅は水戸の彰考（しょうこう）館で主事を務め、『大日本史』の編纂に従事した日本史学者でもあり、その学術的な熱意が禁忌を破り歴史的発見につながりました。

その後仮本殿造営および本殿造営工事の際にも出土品の発見があり、剣がさらに3振り見つかりました。ほかに鉾残片、鏡、勾玉（まがたま）、管玉（くだたま）、環頭式柄頭（かんとうしきつかがしら）などが出土したと伝わっています。

Part.1　地図、地形で読み解く奈良の大地
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Part.2　奈良を駆ける交通網
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Part.3　奈良で動いた歴史の瞬間
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Part.4　奈良で生まれた産業や文化
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<コラム>
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映画・ドラマ・小説…… 奈良県とエンタメ作品