このように神木の持つ影響力は大きく、中世には「春日山木枯槁（ここう）」という不思議な現象が起こりました。枯槁とは草木が枯れることで、『春日権現験記絵（かすがごんげんげんきえ）』では、嘉元（かげん）2（1304）年に起きた霊験をこう伝えています。

興福寺の僧が大和国の地頭を追放したため、幕府は興福寺の僧や春日大社の神職を逮捕し、その所領に地頭を置きました。すると7月にも関わらず春日山の木が一斉に枯れてしまいました。人々は「枯槁が神意である」という託宣のとおり、春日大神が天上に帰ってしまったと嘆き悲しみ、驚いた幕府は地頭を撤廃。すると奈良で光雲がたなびき、神火が星のように飛び歩いて春日大社に戻りました。春日大神の御心を鎮めるために神楽を奉納している最中だった近衛召人（めしうど）らはたいそう仰天したといいます。

応永12（1405）年に起きた枯槁では、6634本の木が枯れたといいます。足利義満の寵童（ちょうどう）・御賀丸（おんがまる）の代官が大和国宇多郡などの荘園を錯乱させた祟りと噂され、義満が150貫文を出して神楽が奉納されました。しかし南都では納得せず、御賀丸を幕府に訴えました。

永正15（1518）年には、山木枯槁の噂が広まったため、興福寺が春日大社に調べさせ、枯槁は3580本と報告しました。しかし、神職は「新たな枯槁でなく過去の枯れ木であり、興福寺の行為は言語道断」と書き残しています。

実はこの枯槁の数か月前、将軍・足利義稙（よしたね）が大和の有力者・箸尾（はしお）氏、万歳（まんざい）氏を攻めて没落させ、跡地を武家に与えたのに対して、興福寺の信徒が蜂起。武家を攻める一方で、幕府に対して直訴を行っていました。

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